Rein äußerlich ist ein Brachycephales Syndrom auch für den Laien erkennbar. Betroffene Tiere hecheln vermehrt und produzieren beim Atmen Geräusche. Je nach Belastung fallen diese unterschiedlich laut aus. Kommt ein Atemwegsinfekt hinzu, hört es sich fast an, als ersticken die armen Kreaturen, und leider ist dies von der Realität auch nicht weit entfernt.
Die Veränderungen in der Anatomie des kurzen Kopfes bestehen vor allem in kleinen Nasenlöchern und verkürzten Nasenmuscheln, was wiederum ein verdicktes Gaumensegel sowie dicke Mandeln mit sich bringt. Durch die zusammengedrückten Atemwege kann weniger gut Luft hindurch strömen. Das Tier ist gezwungen, mit offenem Maul zu atmen, will es genug Sauerstoff bekommen. Das Hauptproblem stellt hierbei das verdickte Gaumensegel dar. Durch die veränderte Form des Gesichtsschädels gegenüber langköpfigen Hunderassen ist es nicht nur im Durchmesser dicker als normale Segel, sondern außerdem noch nach hinten verschoben. Deshalb ragt das Gaumensegel bei den kurzköpfigen Hunderassen teilweise bis in die Luftröhre hinein und verschließt diese beim Einatmen dann kurzzeitig. Vor allem bei Belastung wird dieser Effekt noch verstärkt. Betroffene Kandidaten können kaum ein paar Schritte tun. Denn sobald sie mehr Sauerstoff benötigen, atmen sie tiefer ein, und das Gaumensegel wird regelrecht in die Luftröhre eingesaugt. Ein dramatischer Teufelskreis, der leider gelegentlich auch tödlich endet. Abhilfe kann nur eine Operation schaffen. Die ist allerdings risikobehaftet und kostenintensiv.
Das zweite große Problem dieser armen Stupsnasen ist die Thermoregulation. Bekanntlich haben Hunde und Katzen keine Schweißdrüsen und müssen ihre eigene Körpertemperatur über andere Verdunstungsmechanismen regeln. Dazu gehört zu einem großen Anteil die Nasenschleimhaut. Im Fall der brachycepahlen Rassen bedeckt die verdickte Nasenschleimhaut aber nur wenig Fläche, weil die Nase so kurz ist. Zudem wird kaum Luft über die Nase eingeatmet, weil nichts hindurch geht. Also fällt dieses Organ nahezu komplett aus, was die Regulierung der Körperinnentemperatur betrifft. Daher sind kurzköpfige Tiere viel häufiger vom gefährlichen Hitzschlag betroffen.
Tiere mit brachycephalem Syndrom sollten konsequent von der Zucht ausgeschlossen werden.